История этого храма неразрывно связана с историей Санкт-Петербурга и всего нашего православного Отечества.
Ещё в конце XVIII века здесь находилась часовня в честь Тихвинской иконы Пресвятой Богородицы. Её возведение по преданию связано с чудесным явлением. На этом месте был перевоз от Стеклянного завода на правый берег Невы. Однажды лодочники-перевозчики увидели, что прямо на них плывет какая-то икона; подплыла икона к плоту, где причаливают лодки, и безо всякой видимой причины остановилась. С благоговением вынули лодочники икону из воды и увидели что на ней изображена Пресвятая Богороди Тихвинская. Для неё была построена деревянная часовенка. Но в 1824 году во время страшного наводнения её подняло и ветром перенесло к деревне Клочки. Часовню так и оставили на новом месте, а икону возвратили жителям Стеклянного завода, где срочно была построена новая часовня.
Кроме Тихвинской иконы Богоматери в часовне была и небольшая икона Богородицы "Всех Скорбящих Радость". Сохранилось предание, что ладожский купец Матвеев в бурную погоду перевернулся на лодке с гребцами посреди Невы. Все гребцы погибли, а он, схватившись за доску и усердно молясь Божией Матери о заступничестве, был отнесён к берегу и таким образом спасся. В благодарность, за избавление от смерти, он подарил в часовню икону Пресвятой Богородицы "Всех Скорбящих Радость", благословение своей маткшки, которая была из рода купцов Кураиных.
5 августа (23 июля по старому стилю) 1888 года произошло чудесное событие. Около двух часов пополудни над Петербургом разрядилась страшная гроза. Молния ударила в часовню и расколола её купол. Часовня загорелась. Жители селения Стеклянного завода тотчас же увидели это и побежали тушить пожар, который и был прекращён собственными средствами до приезда пожарных. При этом старик сторож заметил, что на иконе Богородицы, именуемой "Всех Скорбящих Радость", вставленной в киот, стекло разбито, ящика, вделанного в нижний край киота нет, а на самой иконе какой-то чудесной силой держится несколько мелких монет. Все со вниманием начали рассматривать и увидели, что монеты нисколько не вдавились в краску иконы, а держатся без всякой видимой причины сверху её. Невольно нужно было признать в этом особое, непостижимое для человеческого ума, знаменательное явление! И все присутствующие люди, простые умом и чистые сердцем, приписали это явление дивной деснице Господа Бога.
Уже на следующий день к часовне стали стекаться богомольцы. Число их все увеличивалось, и вскоре здесь толпились уже тысячи людей. Между тем стали разноситься известия, что то один, то другой получили от Иконы чудесные исцеления. Весть о прославлении святой иконы из столицы стала распространяться по другим городам и селениям.
Вскоре произошло ещё большее прославление иконы. На Петербургской (ныне Петроградской) стороне проживало состоятельное семейство биржевого маклера Константина Петровича Грачёва. Его жена Александра Петровна родила сына Николая 3 декабря 1876 года. С самого рождения мальчик был очень слабым и болезненным. Семью преследовали несчастья: два мальчика умерли ещё в младенчестве, две сестры скончались от дифтерита, а в 1886 году почти одновременно умерли отец и мать. Десятилетний Николай и сестра Екатерина, девятнадцати лет, остались сиротами. Но и этого было мало. В день похорон матери у Николая случился припадок: мальчика скручивали страшные судороги, его изгибало и подбрасывало так, что было жутко смотреть. Все это доставляло ему невыносимые страдания. Он плакал и кричал от боли. Несмотря на все усилия любящей сестры и старания лучших докторов, припадки только усиливались, становились все чаще и продолжительнее. К ноябрю 1890 года у него отнялись ноги и почти отнялись руки. 27 ноября был приглашён священник для причащения мальчика, дабы подготовить его к жизни вечной.
Но в ночь с 2 на 3 декабря 1890 года (в свой день рождения) после особенно сильных припадков мальчик впал в забытьё. И вдруг он увидел, что комната озарилась неизъяснимым светом. В углу предстали ему Пресвятая Богородица, святитель Николай Чудотворец и ещё какой-то святитель в белом клобуке. Пресвятая Дева сказала: "Николай, поезжай в часовню, где упали монеты, 6 декабря ты исцелишься, но раньше никому не говори". Он уговорил сестру отвезти себя в таком состоянии через весь город.
По дороге с Николаем случился припадок; в самой часовне, когда его положили перед святой иконой, припадок повторился. В часовне было множество народа. Когда начался молебен, все молились об исцелении страждущего. Запели кондак Богородице: "Не имамы иные помощи, не имамы иных надежды, разве Тебе, Владычице, Ты нам помози, на Тебе надеемся и Тобою хвалимся; Твои бо есмы раби, да не постыдимся". При этих словах мальчика подняли и приложили к святой иконе. Сестра попросила вновь положить его на скамью, но он вдруг сказал: "Нет, Катя, я совершенно здоров и могу стоятут". И он действительно самостоятельно встал, осенил себя крестным знамением, после чего подошёл к кресту и вновь приложился к иконе. В часовне все оцепенели. Прошло несколько минут, а никто не осмелился произнести ни слова. У всех на глазах произошло настоящее чудо!
17 февраля 1891 года в той же часовне перед дивным образом вновь произошло чудесное исцеление. Двадцатишестилетняя Вера Болоногина, проживавшая в Красном Холму, страдала неизлечимой болезнью горла, в результате которой потеряла голос. Болезнь угрожала и её жизни. И вдруг она увидела во сне Пресвятую Богородицу, которая повелела ей усердно молиться и отслужить молебен перед святой иконой в Петербурге. После молебна женщина получила моментальное и полное исцеление от своего недуга.
13 марта 1893 года посетили часовню и молились перед святой иконой государь император Александр Александрович с императрицей Марией Федоровной, великой княжной Ксенией Александровной и великим князем Михаилом Александровичем.
Уже в 1891 году прихожане ближайшего Борисоглебского храма, и 12 июня 1894 года митрополит Палладий заложил шатровый храм с колокольней, проект которого бесплатно сделали архитекторы А. И. фон Гоген и А. И. Иванов. Храм был рассчитан на 1200 человек. Главный придел в честь иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость" был освящён 2 августа 1898 года епископом Ямбургским Вениамином. А 3 декабря того же года придел во имя Святителя Николая Чудотворца и святого пророка Илии освятил пртриерой Иоанн Сергиев (святой праведный Иоанн Кронштадтский). Это был один из красивейших храмов города.
Чудотворный образ "Всех Скорбящих Радость" сначала стоял в одном из приделов, но затем специально для него была построена часовня на 600 человек, освящённая 20 декабря 1909 года.
В ограде часовни похоронена чтимая Петербургская старица Матренушка-Босоножка.
История храма в честь иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость" (с грошиками) благословлена светлой памятью ещё одного подвижника Божия. В 1918 году при попытке революционных властей овладеть Александро-Невской лавройбыл застрелян настоятель Скорбященской церкви протоиерей Петр Скипетров, который стал одним из первых российских новомучеников.
Священномученик Петр Скипетров в 1918 году был назначен священником в новопостроенный храм иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радость". С 1912 по 1918 год он являлся настоятелем храма и хранителем Петербургской святыни.
19 января 1918 года, после обнародования декрета об отделении Церкви от государства, большевистские власти предприняли попытку захвата Александро-Невской лавры, что вызвало конфликт с верующими. В это время протоиерей Петр Скипетров увидел, что несколько красногвардейцев угрожают винтовками и револьверами пришедшим в лавру женщинам. Тогда он обратился к вооруженным людям с призывом не производить насилия над верующими, не издеваться над народными святынями. В этот момент один из красногвардейцев выстрелил в священника и смертельно его ранил. Вечером пртриерой Петр Скипетров скончался. Похоронен на Тихвинском кладбище (ныне Некрополь мастеров искусств) Александро-Невской лавры.
"Менее чуткий, более теплохладный человек мог бы промолчать и тем самым сохранить свою жизнь, но не таким был о. Петр - энергичнейший пастырь с его смелою христианскою душою, с его Илииной ревностию", - писал о нем профессор А. Бронзов.
Постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви от 26 декабря 2001 года его имя включено в Собор святых новомучеников и исповедников Российских.
В 1932 году церковь была закрыта, а в 1933 году - взорвана. Часовня сохранилась но без шатров. В тяжелые годы безбожия чудотворная икона Божией Матери "Всех Скорбящих Радость" (с грошиками) была передана в церковь Пресвятой Троицы на проспекте Обуховской обороны, которая была вновь открыта для богослужения весной 1946 года. Там она пребывает и поныне.
С 1991 года часовня действует как церковьв честь иконы Богоматери "Всех Скорбящих Радость" и является подворьем Свято-Троицкого Зеленецкого мужского монастыря. Усердием настоятеля отца Пахомия с братией храм восстанавливается. Возрождено внешнее и внутреннее благолепие храма: возведены шатры, установлены, как и в дореволюционные годы, кресты (с хрусталиками), отреставрированы мраморная облицовка храма и частично сохранившиеся полы. По молитвам Пресвятой Богородицы воссоздан киот для чудотворного образа "Всех Скорбящих Радость". На сегодняшний день киот точно повторяет оригинал, в котором пребывал чтимый образ. 30 января 1995 года митрополит Санкт-Петербургский Владимир совершил освящение киота. В 1998 году, в память 110-летия чудесного прославления иконы, указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II образу "Всех Скорбящих Радость" (с грошиками) было дано наименование "Санкт-Петербургская икона Божией Матери". По благословению настоятеля храма, игумена Пахомия, была создана точная копия чудотворного образа Пресвятой Богородицы.
5 августа 2007 года, в день прославления Петербургской святыни - Иконы Пресвятой Богородицы "Всех Скорбящих Радость" (с грошиками) - прихожане храма, группа паломников из Москвы и случайные прохожие стали свидетелями необычного явления. Именно в тот же самый день и час, что и в 1888 году, когда в такой же солнечный день вдруг неожиданно в часовню ударила молния и начался пожар, спустя 119 лет произошло чудо. В 16 часов дня над крестом часовни, купола которой ещё находятся в строительных лесах, на небе появилась круглая яркая радуга. Это чудо продолжалось 20 минут. С улицы водвор храма заходили прохожие
